Dans la première partie de cette thèse, nous avons analysé les relations entre la variabilité des gènes putatifs impliqués dans la biosynthèse de l’albicidine et la variabilité des différentes composantes du pouvoir pathogène de X. albilineans. Dix haplotypes distincts et 2 groupes génétiques majeurs, nommés ALB-RFLP571-A et ALB-RFLP571-B, ont été identifiés à partir de 137 souches de X. albilineans originaires de 27 zones géographiques. Presque toutes les souches de X. albilineans originaires de zones géographiques où une recrudescence de l'échaudure des feuilles a eu lieu ces quinze dernières années appartiennent au groupe ALB-RFLP571-B. De plus, il existe une très forte correspondance entre ces deux groupes génétiques et les groupes AFLP et RFLP déjà décrits par ailleurs pour cet agent pathogène. Des variants de production d'albicidine in vitro (albivars) ont aussi été identifiés parmi les 139 souches de X. albilineans testées, mais aucune relation entre cette variabilité et les groupes génétiques ALB-RFLP571-A et ALB-RFLP571-B n’a pu être mise en évidence. Par ailleurs, des groupes de pathogénie ont été identifiés, sur la base de l'intensité des symptômes foliaires (pathotypes) et de l'intensité de colonisation de la tige (colovars), chez 21 souches de X. albilineans produisant des quantités d’albicidine différentes et qui sont représentatives de la variabilité génétique révélée au cours de cette étude. Aucune relation n'a pu être mise en évidence entre ces groupes de pathogénie et les groupes génétiques ALB-RFLP571-A et ALB-RFLP571-B. Néanmoins, l’ensemble de ces résultats suggère que la capacité de colonisation de la tige de canne à sucre implique d'autres facteurs que l’albicidine, et leur étude a fait l'objet des recherches décrites dans la deuxième partie de cette thèse.
Dans la deuxième partie de la thèse, nous avons essayé d’identifier et de caractériser la variabilité de nouveaux gènes impliqués dans la pathogénie de X. albilineans. Deux approches ont été utilisées avec 19 souches de l’agent pathogène originaires de Guadeloupe, de pathogénie différente (capacité différente à coloniser la tige de canne à sucre et à induire des symptômes de la maladie) et pour lesquelles aucune variabilité n'a été détectée par RFLP au niveau des gènes de biosynthèse de l'albicidine et sur l'ensemble du génome de la bactérie :
i) Analyse AFLP du génome de la bactérie en utilisant 16 combinaisons d’amorces sélectives. Une variabilité entre souches et deux groupes génétiques majeurs ont été identifiés, mais aucune relation entre cette variabilité génétique et la variabilité du pouvoir pathogène de X. albilineans n’a pu être montrée.
ii) Amplification par PCR de gènes impliqués dans la pathogénie d’espèces bactériennes proches de X. albilineans, et notamment X. campestris pv. campestris et Xylella fastidiosa. Quarante couples d'amorces représentant 40 gènes ont été testés mais seulement trois gènes (pilB, rpfA et xpsE) ont pu être amplifiés chez X. albilineans. Aucune différence n'a été observée dans la séquence nucléotidique de ces gènes chez 9 souches de X. albilineans à pathogénie variable. Une étude phylogénétique réalisée à l’aide des séquences de ces trois gènes et de deux gènes de ménage a permis de montrer que X. albilineans représente un groupe distinct situé entre le groupe X. campestris et Xylella fastidiosa, une autre bactérie phytopathogène du xylème.
Le génome complet de la souche GPEPC73, isolée au cours de cette thèse, est actuellement séquencé au Genoscope, à Evry. L’obtention et le déchiffrage de la séquence complète du génome de X. albilineans constituent la prochaine étape de la caractérisation des bases génétiques de la pathogénie de X. albilineans et d’une gestion plus durable de la résistance de la canne à sucre à l'échaudure des feuilles en Guadeloupe, et dans le monde.
Mots clés : Canne à sucre, échaudure des feuilles, Xanthomonas albilineans, pouvoir pathogène, toxine, albicidine, intensité de maladie, colonisation de tige, diversité génétique, gènes de pathogénie, RFLP, AFLP, PCR.